Surgió a partir de la creación del Centro de Estudios sobre la Universidad (CESU) en 1976, y hasta la fecha ha tenido a su cargo coordinar el trabajo de investigadores destacados en diferentes áreas de las Humanidades con el fin de abordar las complejidades del fenómeno de la educacion desde una perspectiva multidisciplinaria. En 2006, cambió su nombre por el de IISUE.

La otra gran función que desempeña este instituto es la conservación y difusión del Archivo Histórico de la UNAM, que está concentrado en el primer piso de la Biblioteca Nacional en el Centro Cultural Universitario. Este acervo es fundamental para las actividades del IISUE, pues en el se preserva la memoria de la Universidad en los documentos que integran las colecciones. Por otra parte, investigadores externos y público en general interesados en conocer la historia de la UNAM y la manera en que ella se ha relacionado con otras universidades nacionales y extranjeras, así como el papel que ha jugado en la construcción del México moderno.

El Archivo fue creado por acuerdo del Rector Ignacio Chávez en 1964 y cuenta con un total de 128 grupos documentales. La mayoría de ellos constituyen un registro del trabajo realizado por las escuelas que han conformado la Universidad desde su fundación en 1910. Así, reúne en un solo espacio la documentación histórica de todos los institutos, facultades, preparatorias y las dependencias generales que integran la UNAM. Gracias a estas colecciones es posible conocer qué era la Universidad en sus orígenes porfirianos y cuál ha sido su devenir a lo largo del siglo XX y hasta nuestros días.

La otra parte de la colección la conforman archivos de particulares que los han donado o que han sido adquiridos por la Universidad. Sus contenidos son variados y abarcan temas políticos, culturales e históricos. Entre los más destacados ejemplos de estos acervos podemos mencionar los de Ezequiel A. Chávez, Gildardo Magaña y Martín Luis Guzmán.

Los servicios que brinda en sala el Archivo Histórico son el de consulta y reprografía de los materiales que se conservan en buen estado. Además, constantemente se trabaja en la restauración, catalogación y digitalizacion de documentos con el propósito de hacerlos cada vez más accesibles a los usuarios. Su horario de atención es de lunes a viernes, de nueve de la mañana a ocho de la noche.